I Bucuresti sliter atten år gamle Loredana med å skaffe nok penger til familien. Tilværelsen som prostituert i slummen er beinhard, så da hun blir lovet et liv i luksus i Sverige, hopper hun på tilbudet.

Sykepleieren Lina blir mistenksom da hun treffer en mishandlet kvinne fra Romania. Noen uker tidligere hadde hun en annen pasient med lignende skader, og begge kvinnene samme uvanlige tatovering. Hva har hendt med dem? Sannheten viser seg å være langt verre enn Lina har forestilt seg.

Rundt om i Stockholm er det leilighetsbordeller som drives av menn som kjøper og selger kvinner som handelsvarer. Markus Lundström og Natalia Volotkova i Menneskehandelgruppen er på sporet av et av disse nettverkene. Men de står fast og Natalia tar saken i egne hender - en beslutning som viser seg å bli like livsfarlig som den er effektiv.
Jentene i skyggen er en virkelighetsnær skildring av det som skjer midt blant oss, men som få ser. Dette er den andre frittstående delen i serien om Menneskehandelgruppen.