"Her er det jeg vet. Jeg ble født to ganger, den første gangen på nyttårsnatta i en annen by, under et annet tak i Europa. I en revne mellom to århundrer sprengte jeg hinnen. Tolv slag, og klokkene ringte året inn. Viserne falt ned i neste hakk, år 1900. Jeg ble født i det lyset som finnes mellom en gutt og en jente. Jeg er verken jente eller gutt."

"Jernlungen" er en roman med historiske og fantastiske elementer, hvor den ene delen av handlingen foregår på epidemisykehuset Blegdamshospitalet i København på 1950-tallet, mens den andre delen utspiller seg på et barnehjem for gutter i en stor skog i Østerrike-Ungarn og i Budapest i årene 1913-1917.

I en jernlunge på Blegdamshospitalet ligger en ung poliosyk jente, lammet og avhengig av maskinen for å puste. På barnehjemmet i skogen vokser et navnløst barn - som ikke er helt som de andre guttene - opp under kallenavnet Gutt. Og mellom disse to unge menneskene, på tvers av tid og rom, finnes et sterkt, gåtefullt og uløselig bånd.